Zalążkiem Instytutu była Katedra, która powstała w 1960 roku i wkrótce została przemianowana na Instytut Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych. W początkowym okresie działalności jednostką tą kierował (na zaproszenie Rady Wydziału Handlu Zagranicznego) ówczesny minister Handlu Zagranicznego prof. dr hab. Witold Trąmpczyński. W 1964 roku kierownictwo katedry objął prof. dr hab. Józef Sołdaczuk. Kolejnymi dyrektorami Instytutu MSG byli: prof. dr hab. Stanisław Ładyka, prof. dr hab. Paweł Bożyk i od 1994 roku ponownie prof. dr hab. Stanisław Ładyka. W październiku 1998 roku kierownikiem Instytutu został prof. dr hab. Adam Budnikowski. W 1998 roku z Instytutu Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych wyodrębniła się nowa jednostka naukowa: Katedra Integracji Europejskiej im. Jeana Monneta. Jej kierownikiem została prof. dr hab. Elżbieta Kawecka-Wyrzykowska.
Z dniem 2 listopada 2016 roku (Zarządzenie Rektora nr 57 z dnia 19.10.2016) Instytut Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych oficjalnie zmienił nazwę na Instytut Ekonomii Międzynarodowej.
Wśród historycznego dorobku Instytutu niewątpliwie wymienić należy przygotowanie i wydanie pierwszego w Polsce podręcznika z zakresu międzynarodowych stosunków gospodarczych (J. Sołdaczuk, Z. Kamecki, W. Sierpiński, Międzynarodowe Stosunki Ekonomiczne, teoria i polityka, PWE 1964).