Ekonomiczny Uniwersytet Dziecięcy prowadzony jest przez Fundację Promocji i Akredytacji Kierunków Ekonomicznych we współpracy z lokalnymi partnerami: w Warszawie – przy Szkole Głównej Handlowej w Warszawie, w Katowicach – przy Uniwersytecie Ekonomicznym w Katowicach, w Białymstoku – przy Politechnice Białostockiej, w Poznaniu – przy Uniwersytecie Ekonomicznym w Poznaniu, w Gdańsku – przy Politechnice Gdańskiej oraz we Wrocławiu – przy Uniwersytecie Ekonomicznym we Wrocławiu.
Uniwersytet działa w systemie semestralnym. Każdy semestr obejmuje sześć spotkań trwających po dwie godziny lekcyjne. Problematyka zajęć koncentruje się wokół zagadnień z zakresu zarządzania, ekonomii, marketingu, historii gospodarczej, psychologii i etyki biznesu. Organizatorzy starają się przy tym, aby przekazywana wiedza dostosowana była poziomem trudności do wieku odbiorców, a język przekazu był zrozumiały. Przystępność treści jest wzmacniana przez różnego typu wizualizacje multimedialne. Spotkania mają charakter interaktywny – są połączeniem wykładu, dyskusji, prac warsztatowych i publicznej prezentacji ich wyników. Częstym punktem zajęć na EUD są quizy, turnieje, symulacje, prace plastyczne. Podczas warsztatów mali studenci wcielają się w rozmaite role: kierowników zespołów, negocjatorów, inwestorów giełdowych czy specjalistów ds. marketingu, ucząc się przy tym pracy w grupie, samodzielnego myślenia i planowania.
Po każdym spotkaniu na stronie internetowej publikowane są materiały edukacyjne z wykładu, relacja wideo z zajęć oraz prezentowana jest galeria zdjęć, zawierająca zarówno fotografie samych uczestników zajęć, jak również wyników ich prac warsztatowych. Dzięki temu uczestnicy zajęć mają szansę przypomnieć sobie omówiony materiał, nieobecni – nadrobić zaległości, zaś rodzice – podejrzeć swoje pociechy podczas pracy i zorientować się w przerabianej na zajęciach tematyce zajęć.
Na zakończenie każdego ze spotkań nasi studenci otrzymują wpisy do indeksu, będące poświadczeniem ich obecności na zajęciach. Każdy student Uniwersytetu, który obecny jest na minimum 4 z 6 spotkań w danym semestrze, otrzymuje dyplom. Osoby uczestniczące we wszystkich spotkaniach - dyplom z wyróżnieniem. Dodatkowo dla chętnych przewidziano test z zakresu zrealizowanych semestralnych zajęć. Student, który uzyska najwyższą notę w danym ośrodku, otrzymuje wartościową nagrodę.
W ramach spotkań EUD organizowane są również zajęcia dla rodziców. Zajęcia te mają pomóc w wychowaniu ekonomicznym dzieci oraz kształtowaniu u najmłodszych postaw i zachowań przedsiębiorczych. Na spotkaniach z opiekunami omawiane są następujące kwestie: jak przysposobić dziecko do rozsądnego dysponowania pieniędzmi, jak wychowywać w dobie internetu i otaczającej nas technologii, jak wykształcić w dziecku wrażliwość etyczną, jak wspierać dziecko w nauce, jaką rolę w procesie kształtowania postaw asertywnych u dziecka pełni rodzic, czy i jak można kształtować w dziecku umiejętność kreatywnego myślenia, jak rodzice mogą pomóc dziecku w odkrywaniu jego zainteresowań oraz wiele innych równie ważnych i interesujących zagadnień z zakresu wychowania.
W październiku 2009 r. Ekonomiczny Uniwersytet Dziecięcy został objęty patronatem honorowym Ministra Edukacji Narodowej. Patronat stanowi szczególnego rodzaju wyróżnienie dla przedsięwzięć bezpośrednio związanych z edukacją i wychowaniem.