W 1955 r. uzyskał magisterium na Wydziale Przemysłu Szkoły Głównej Planowania i Statystyki w Warszawie. Na tej uczelni otrzymywał kolejne stopnie naukowe – w 1960 r. został doktorem nauk ekonomicznych (na podstawie rozprawy Rachunek ekonomiczny spółdzielni produkcyjnych), a w roku 1965 uzyskał stopień doktora habilitowanego w oparciu o pracę zatytułowaną Wzrost gospodarczy i niepodzielność inwestycji. W 1972 r. uzyskał tytuł profesora w dziedzinie nauk ekonomicznych.
Przez całe zawodowe życie pozostawał związany ze Szkołą Główną Planowania i Statystyki (od 1991 r. SGH). Na początku lat pięćdziesiątych dołączył do nowo utworzonej Katedry Ekonomii Politycznej, kolejno, jako asystent i adiunkt 1953-66, a następnie pełnił funkcje Kierownika Katedry Ekonomii w SGPiS 1966-1968 r., 1972-1979 r. i w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie 1999-2000 r.
W okresie od 1991–1999 r. wykładał również na Uniwersytecie Jagiellońskim, będąc Kierownikiem Katedry Ekonomii. Zasiadał w Komitecie Nauk Ekonomicznych PAN. W latach 2006–2013 był wykładowcą na Uczelni Łazarskiego.
W pracy naukowej specjalizował się w mikroekonomii i teorii ekonomii.
Ponadto pełnił m.in. funkcję doradcy naukowego I sekretarza KC (od 1977 r.). W 1979 zrezygnował z tej funkcji i wystąpił z partii, zaś w 1980 r. przystąpił do Solidarności, zostając doradcą związku. W 1987 należał do grona tzw. sześćdziesiątki – grupy niezależnych intelektualistów, którzy na prośbę Lecha Wałęsy sformułowali podstawowe cele opozycji demokratycznej. Należał też do powstałego w grudniu 1988 r. Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie, uczestniczył po stronie opozycyjnej w obradach Okrągłego Stołu, wchodząc w skład zespołu ds. gospodarki i polityki społecznej. Stał na czele zespołu, związanych z OKP ekonomistów, który opracował program gospodarczy, będący planem alternatywnym wobec planu Balcerowicza. Profesor Janusz Beksiak był w okresie późniejszym doradcą premiera Jana Krzysztofa Bieleckiego.
W 1990 r. został jednym z laureatów pierwszej edycji Nagrody Kisiela.
Dziekan Kolegium Analiz Ekonomicznych w latach 1993-1999.
Opublikował sto kilkadziesiąt artykułów i książek naukowych m.in.: „Wzrost gospodarczy i niepodzielność inwestycji” 1965, „Zarys teorii gospodarki socjalistycznej” (współautor) 1965, „Równowaga gospodarcza w socjalizmie” (współautor) 1972, „Społeczeństwo gospodarujące” 1972, „Zarządzanie przedsiębiorstwami uczestnikami rynku dóbr konsumpcyjnych (współautor i redaktor naukowy) 4 tomy 1978-90, „Zmiany w gospodarce” 1982, „Zarys programu stabilizacyjnego i zmian systemowych” (współautor i redaktor naukowy) 1990. „Badania nad edukacją ekonomiczną dla gospodarki rynkowej w Polsce” (współautor i redaktor naukowy) 1996, „Ekonomia, podręcznik” (współautor i redaktor naukowy) 2000, „Państwo w polskiej gospodarce lat dziewięćdziesiątych XX wieku” (współautor i redaktor naukowy) 2001, „Polska gospodarka w XX wieku, eseje historyczno-ekonomiczne” (współautor i redaktor naukowy) 2003, „Falowanie aktywności gospodarczej. Przypadek polski” (współautor) 2013.
